শ্রীশ্রী ঠাকুর তাঁহার জীবদ্দশায় তিনটি আশ্রম প্রতিষ্ঠা করে গেছেন। এদের মধ্যে “শ্রীশ্রী কৈবল্যধাম” নামে বাংলাদেশের চট্টগ্রামের পাহাড়তলিতে একটি; আর একটি ভারতের কলকাতায় যাদবপুর নামক স্থানে। শ্রীশ্রী ঠাকুরের জন্মস্থান পবিত্র শরীয়তপুর জেলার ডিঙ্গামানিক নামক স্থানে “শ্রীশ্রী সত্যনারায়ণ সেবা মন্দির” নামক তৃতীয় আশ্রমটি প্রতিষ্ঠা শ্রীশ্রী ঠাকুর তাঁহার জীবদ্দশায় করে গেছেন। বাংলাদেশের নোয়াখালী জেলার চৌমহনীতে শ্রীশ্রী ঠাকুরের নশ্বর দেহ সমাধিস্থ করে সেখানে শ্রীশ্রী ঠাকুরের “সমাধি মন্দির” প্রতিষ্ঠা করা হয়।
শ্রীশ্রী রামঠাকুর তাঁহার শিষ্য, ভক্ত ও শ্রীশ্রী ঠাকুরের আধ্যাত্মিক পরিবারের জন্যে বাক্তিগত ভাবে এই ধর্মীয় প্রতিষ্ঠান শ্রীশ্রী কৈবল্যধাম আশ্রমটি প্রতিষ্ঠা করে গেছেন। শ্রীশ্রী কৈবল্যনাথের মোহান্ত হবেন সকল ধামের সর্বোচ্চ আধ্যাত্মিক ও প্রশাসনিক প্রধান। শ্রীশ্রী কৈবল্যধাম আশ্রম পাহাড়তলীর মোহান্ত বাংলাদেশ ও ভারত তথা পৃথিবীর কোথাও ধাম প্রতিষ্ঠা হলে সেখানকার মোহান্ত বলে বিবেচিত হবেন।
আশ্রমের সঠিক ব্যবস্থাপনা ও রক্ষনাবেক্ষণ এর নিমিত্তে শ্রীশ্রী কৈবল্যনাথের মোহান্ত শ্রীশ্রীঠাকুরের অনুসারীদের নিয়ে একটি পরিচালন কমিটি তৈরী করে দিবেন। নির্বাচিত ব্যবস্থাপনা কমিটি সদস্যদের মধ্যে থেকে মোহান্ত একজন সচিব এবং একটি কোষাধ্যক্ষ এবং / অথবা ব্যবস্থাপনা কমিটির সদস্যদের মধ্যে থেকে অন্য অফিসে বাহক অনুমোদন করবেন। উক্ত কমিটি তাঁর অনুপস্থিতিতে নির্দেশ, পরামর্শ ও পথ অনুসরণ করে চলবেন।
»» ধামের মৌলিক উদ্দেশ্য হল:
» শ্রীশ্রী কৈবল্যধামের মূল দেবতা শ্রীশ্রী কৈবল্যনাথের নিয়মিত সেবা এবং পূজার আয়োজন করা।
» জাতি ধর্ম-বর্ণ নির্বিশেষে সকল কে শ্রীশ্রী ঠাকুরের চরণে আশ্রয় দিয়ে শ্রীশ্রী ঠাকুরের শিক্ষায় জীবন যাপনের জন্য উদ্বুদ্ধ করা।
» আশ্রমে আশ্রিতদের একটি সুশৃঙ্খল উন্নত জীবন যাপনের জন্য উৎসাহিত করা।
» সমস্ত স্থাবর ও অস্থাবর সম্পত্তি সঠিক ভাবে বিন্যাস এর জন্য ব্যবস্থা করা।
» একটি আধ্যাত্মিক দৃষ্টিভঙ্গীর সঙ্গে সমাজের কল্যাণ সেবার উপর জোর দেওয়া।
» ধাম ও আশ্রমগুলোতে জনহিতকর এবং দাতব্য কার্যক্রম বিকাশ ও প্রসারিত করে সমাজে শ্রীশ্রী ঠাকুর ধারণা সঞ্চারিত করা।
» সমাজের দুস্থ এবং অতি দরিদ্র শিশুদের জন্য বিনামূল্যে শিক্ষা ব্যবস্থা করা।
» ধাম ও আশ্রমগুলোতে জনহিতকর এবং দাতব্য কার্যক্রম বিকাশ ও প্রসারিত করে সমাজে শ্রীশ্রী ঠাকুর ধারণা সঞ্চারিত করা।
» ক্যান্সার ও ডায়াবেটিস রোগ প্রতিরোধে সমাজে সচেতনা মূলক কার্যক্রম পরিচালনা করা।
» শ্রীশ্রী ঠাকুর তাঁর নিজের হাতে লেখা চিঠিতে শ্রীশ্রী কৈবল্যধামের মাহাত্ম্য এবং মোহান্ত মহারাজের কাজের বিবরণ তাঁহার শিষ্যদের নির্দেশ দিয়েছেন।